随后袁耀便向军事机构下手！

他撤销了两军都督府，将参谋司合并组建了一个新的五军司。这样，大都督、左右都督便成为了荣誉的官职名称，不再有具体实权。

新建的军务司主要负责作战计划制定、调兵和各镇军力的编制以及军官升迁。具体的作战、训练，由各镇总领负责，而各镇总领却不归五军司直接统领，而是直接向中枢台负责。凡各镇调动或进行军事行动，必须有军务司的正式作战命令以及袁耀的授权才能成行，这便限制了各镇独立运作的能力。

袁耀任命江轩为五军司司长，庞统为副司长兼任军师祭酒，成为了袁耀身边的首席智囊。

袁耀认为此次淮南的内部动荡，以及淬剑庄派系叶乐安的叛变，从客观上与他多年的过分纵容有关。他对淬剑庄的嫡系缺少防范之心，没有一视同仁的进行多番考核。

叶乐安既然能够叛变，那么难保其他淬剑庄之人便不会。多亏了叶乐安只是一个稽查处长官，万一要是在外边统兵的将领，后果将不堪设想。于是袁耀下决心用更加完善的制度，杜绝这种事情。

卫军中除了黄漪的汝阳卫、纪灵的怀远卫、陆逊的绥宁卫以外，其他的卫军都是一色的淬剑庄体系，而且这些淬剑庄体系的卫军，是淮南绝对的主力。

他必须增加军队中，非淬剑庄系统的队伍比例才行。

于是袁耀将目光转向了原本的护军，他将袁明从内政司训导局调离，令他单独建立五营护军，统称为五军营，增强中枢的军事力量！并将雷绪父子所统帅的护军，重新整编，命名为西军营。

现在淮南各卫军的编制之下便是营，除了宣武卫有一万人以外，其他的卫都是五千人编制，而独立作战的营级编制有两个，一个是李义、侯晖的先登营、另一个是潘璋的选锋营。

袁耀认为这种营级单位不错，三千人也容易管理制约，并且不会出现什么叛乱风险，所以准备大力发展。

新建的五军营共计一万五千人，分为东南西北中五营，隶属于白翠微的淮南镇节制，属于中枢军队。