联盟舰队返回鸿蒙海宇时，整个海宇都陷入了沸腾。海宇本源共生城的上空，两千零八十界的道韵光纹交织成巨型光幕，将“三千海宇共生阵”的完整虚影投射其中，从鸿蒙海宇本源渊延伸至域外二十座海宇，金色光带如蛛网般覆盖所有疆域。石破天率领二十座海宇文明的圣尊团，站在海宇本源渊的“共生圣坛”上，坛下是九万亿联盟修士组成的“共生护阵军团”，他们手持各色道器，周身道韵与光幕共鸣，气势撼天动地。
“三千海宇共生阵，以鸿蒙海宇为核心，辐射二十座加盟海宇，共需布设三万六千个阵眼！”石破天将跨海宇共生镇魂珠托在掌心，晶体释放的金色光纹与海宇本源渊的能量交融，在星图上勾勒出阵眼分布图，“第一阶段：选址筑基！灵海古族率灵海水军，在灵海海宇布设‘灵海共生阵眼’，以灵海本源水为基，注入灵海古韵；焚天海宇的焚煞率火焰军，在焚天海宇布设‘焚天共生阵眼’，以焚天本源火为基，锤炼阵眼强度；其余文明按星图标注，在各自疆域核心区布设阵眼，三日之内完成筑基！”
灵汐手持灵海共生晶，周身淡蓝灵韵暴涨：“灵海古族领命！我族将以‘灵海万生阵’为雏形，让每个阵眼都与灵海本源水共生，可自动净化畸变能量！”焚煞握紧重铸的“焚天火焰刃”，赤红色火焰道韵冲天而起：“焚天海宇保证完成任务！我们会将焚天核心鼎的火焰道韵注入阵眼，让阵眼具备灼烧暗黑能量的特效！”二十座海宇的圣尊纷纷领命，带着各自的精锐军团，化作道道流光奔赴阵眼选址地。
石破天则率领海古尊、风锚子等核心成员，留在鸿蒙海宇本源渊，搭建“中央主阵眼”——这里是三千海宇共生阵的能量核心，需要将跨海宇共生镇魂珠、灵海共生晶、焚天核心鼎三大部件融入其中。主阵眼的选址在本源渊深处的“海宇本源核心台”，台上矗立着上古海宇文明遗留的“共生图腾柱”，柱身刻着残缺的三千海宇符文，正是布设主阵眼的关键。
“主阵眼布设分三步：融核、铸基、引能！”海古尊取出海宇本源古韵符，符篆与图腾柱产生共鸣，残缺符文开始闪烁，“第一步融核：将三大核心部件嵌入图腾柱，以上古共生古韵激活；第二步铸基：调用二十座海宇的本源能量，浇筑阵眼基台；第三步引能：连接一万九千万个海宇共生节点，形成能量循环网！”
石破天将三大核心部件按“品”字形嵌入图腾柱，注入上古共生道韵：“上古共生，三千海宇为基，融！”金色、淡蓝、赤红三色光纹从部件中爆发，顺着图腾柱的符文流淌，残缺的符文逐渐补全，形成完整的“三千海宇共生符文阵”。图腾柱暴涨至百万丈高，顶端凝聚出一道巨型光轮，光轮中浮现出三千海宇的微缩影像，每一座海宇都闪烁着金色光纹。
此时，二十座海宇的阵眼同时完成筑基，一道道能量光柱从各海宇冲天而起，直刺鸿蒙海宇的主阵眼。石破天挥手催动主阵眼：“能量引导，循环共生！”光轮将所有能量光柱接入，转化为纯净的共生能量，顺着图腾柱注入海宇本源渊，整个鸿蒙海宇都剧烈震颤，海宇本源长河的能量流速提升十倍，河水中浮现出无数共生符文，滋养着所有生灵。
三日之后，三万六千个阵眼全部激活，三千海宇共生阵的光幕覆盖所有加盟海宇，光幕上的共生符文自动流转，净化着空气中残留的畸变能量。石破天站在主阵眼顶端，感受着阵法的能量流动，眼中满是欣慰：“第一阶段完成！接下来，启动‘备战升级计划’，三千年后，我们要用最强的姿态迎接畸变之源！”
备战升级计划的核心，是“神器、天才、军团”三大维度的全面强化。石破天首先启动“至尊神器终极升级计划”，将主阵眼的共生能量引入鸿蒙海宇共生至尊护道印，融合三大核心部件的道韵，打造跨域级至尊神器。升级仪式在海宇本源共生殿举行，殿内汇聚了二十座海宇的炼器大师，他们带来了各自文明的顶级灵材——灵海古族的“灵海本源晶髓”、焚天海宇的“焚天火山核心”、域外守护海宇的“守护道韵玉”等，共计三千种顶级灵材。
“以主阵眼能量为火，三千灵材为料，三大核心为魂，铸‘三千海宇共生至尊护道印’！”石破天将护道印抛向空中，注入三千海宇共生道韵，护道印瞬间膨胀至万丈大小，表面浮现出三万六千个阵眼虚影。炼器大师们同时将灵材投入护道印，灵海本源晶髓融入后，印身浮现淡蓝灵韵；焚天火山核心融入后，赤红色火焰符文流转；守护道韵玉融入后，金色守护光纹环绕。
当三大核心部件的道韵彻底融入护道印时，印身爆发出万丈金光，金色光纹中蕴含着三千海宇的道韵法则，形成一道“跨域共生领域”，领域内所有联盟修士的道韵契合度都提升三倍。石破天伸手握住护道印，印身自动缩小至掌心大小，表面刻着完整的三千海宇共生阵图，顶端镶嵌着微型的镇魂珠、共生晶、核心鼎，散发着令人心悸的能量波动：“此印可调动三千海宇共生阵的全部能量，释放‘三千海宇破邪斩’，足以重创域外至尊级存在！”
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神器升级的同时，“海宇共生终极道韵学院”正式开学，石破天担任院长，海古尊、灵海尊、焚煞等担任导师，面向二十座海宇招收天才修士。学院的“共生试炼塔”融合了灵海的幻阵、焚天的火焰试炼、暗黑渊的魂体考验，能全方位锤炼修士的道韵、魂体、意志。开学第一天，就有一名来自灵海海宇的少年“灵浩”引起了石破天的注意——他年仅千岁，却已掌握灵海古韵与共生道韵的融合之法，在试炼塔中创下了“一日通关十层”的纪录。
“此子是灵海古族万年来的第一天才，天生与灵海本源水共生，能直接沟通主阵眼的能量！”灵汐带着灵浩来到石破天面前，少年周身淡蓝灵韵纯净无瑕，对着石破天躬身行礼：“学生灵浩，愿随议长守护海宇！”石破天挥手释放一道共生道韵，融入灵浩体内：“我传你‘三千海宇共生道韵种子’，他日你必能成为灵海古族的新领袖，守护东方阵眼！”灵浩体内的道韵种子瞬间发芽，气息暴涨至海宇圣尊初期境，引得周围导师纷纷惊叹。
军团强化方面，联盟成立“三千海宇共生军”，下辖五大主力军团：“灵海水军”由灵海古族统领，配备灵海本源战船，能在水中形成灵韵防御阵，擅长水下作战；“焚天火焰军”由焚煞统领，士兵身披火焰战甲，能释放焚天本源火，克制暗黑能量；“守护防御军”由域外守护海宇的修士组成，掌握上古防御道韵，负责主阵眼的守护；“道韵融合军”由各文明的天才修士组成，擅长跨域道韵融合攻击；“域外先锋军”由石破天亲自统领，配备最新研发的“跨域破邪战舰”，负责探查域外畸变之源的动向。
备战的第一千年，联盟的实力已较之前提升百倍：石破天的修为突破至“三千海宇共生至尊初期境”，道韵能覆盖所有加盟海宇；灵汐、焚煞等新晋圣尊突破至鸿蒙海宇主宰巅峰境；灵浩等年轻天才成长为海宇主宰级强者；跨域破邪战舰的数量达到五万艘，每艘战舰都能释放“跨域破邪炮”，威力较之前提升五十倍；三千海宇共生阵的能量储备达到饱和，能随时释放终极防御罩。
备战的第一千五百年，灵海海宇的东方阵眼突然出现异动——阵眼的灵海本源水开始变得浑浊，淡蓝灵韵逐渐被紫黑能量侵蚀，阵眼光幕出现裂痕，无数小型畸变触手从裂痕中伸出，疯狂攻击阵眼的防御符文。灵浩第一时间传来紧急情报：“议长，东方阵眼遭到‘域外畸变先锋触手’的攻击，这些触手能吸收灵韵能量，阵眼的能量正在快速流失！”
石破天立即率领道韵融合军与域外先锋军，乘坐跨域破邪战舰赶赴灵海海宇。抵达阵眼所在地时，眼前的景象令人心惊：原本蔚蓝的灵海本源水已被染成紫黑，三万六千个东方阵眼中有半数已被侵蚀，灵海水军正在奋力抵抗，但触手的数量越来越多，且能不断分裂再生，士兵们的道韵攻击只能暂时击退它们，无法彻底消灭。
“这些触手是域外畸变之源的‘能量分身’，能吸收海宇能量快速再生！”海古尊用古韵符探测后，脸色凝重，“普通的破邪攻击无法彻底消灭它们，必须用‘跨域共生道韵+上古传承道韵’双重攻击，才能净化其核心能量！”石破天挥手释放三千海宇共生至尊护道印，金色光纹形成一道光幕，暂时挡住触手的侵蚀：“灵浩，用灵海古韵引导阵眼残留能量；焚煞，释放焚天本源火灼烧触手表面；我来激活上古传承道韵，净化核心！”
灵浩催动灵海古韵，淡蓝光纹从阵眼残留的能量中涌出，缠住触手的根部，阻止其吸收能量；焚煞释放焚天本源火，赤红色火焰形成一道火墙，将触手的身体包裹，灼烧其表面的紫黑能量；石破天将护道印按在阵眼核心，注入上古共生道韵，试图唤醒阵眼的上古防御符文。但触手的核心能量异常顽固，金色道韵只能净化表面，无法深入核心。
“这样下去不是办法，阵眼的能量支撑不了多久！”灵汐手持灵海共生晶，试图用晶体的能量修复阵眼，但晶体的灵韵刚接触阵眼，就被触手吸收，“这些触手能吸收共生道韵，我们的攻击反而会成为它们的养料！”石破天看着阵眼上的上古符文，突然想起主阵眼图腾柱上的完整符文：“图腾柱的符文是上古海宇文明的传承，或许阵眼深处藏着上古传承的钥匙！”
石破天飞身进入阵眼核心，这里的紫黑能量最浓郁，无数触手的核心汇聚于此，形成一团直径十万丈的“畸变核心球”。核心球的表面，刻着与图腾柱相似的上古符文，但符文是扭曲的，显然被畸变能量污染。石破天将护道印贴在核心球上，注入三千海宇共生道韵：“上古传承，共生为引，显！”